中華民國九十八年五月十一日財政部台財關字第 09805502860 號令修正發布第 3、5、6、12、17-1 條條文；增訂第 5-1 條條文；刪除第 17 條條文
第 3 條 本辦法所稱物流中心，指經海關核准登記以主要經營保稅貨物倉儲、轉運及配送業務之保稅場所。
物流中心得經海關核准，於不同地址另設分支物流中心。各分支物流中心除資本額外，應依本辦法有關規定辦理登記、管理及通關，並分別獨立設帳控管貨物之進出。
物流中心內得進行因物流必需之重整及簡單加工。
第 5 條 物流中心向海關申請核准登記，應具備下列條件：
一、實收資本額在新臺幣一億五千萬元以上之股份有限公司組織，其以股份有限公司或分公司名義申請設立登記者，投資於物流中心之營業資金不得低於新臺幣一億五千萬元。
二、應設在國際港口、國際機場、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區內及鄰近國際港口、國際機場地區或經海關專案核准之地點。
三、應與外界有明顯之區隔，且具備確保貨物安全與便利海關查核之設施。
四、應設置電腦及相關連線設備，並以電子資料傳輸方式處理貨物通關、
帳務管理及貨物控管等有關作業，並與海關電腦連線。
五、應設有門禁並以電腦控管貨物及車輛之進出。
六、應依本辦法規定繳納保證金。
七、應符合自主管理條件。
前項第二款之鄰近國際港口、國際機場地區或須經海關專案核准之地點，申請設立前應先向海關申請勘查，並事先取得建築物使用主管機關之同意。
外國分公司實際匯入之營業資金在新臺幣一億五千萬元以上者，得依前二項規定，向海關申請核准登記為物流中心。
第 5-1 條 物流中心之實收資本額在新臺幣一億五千萬元以上者，得經海關核准，於不同地址另設二處分支物流中心；其實收資本額已逾前條規定之最低限額者，每逾新臺幣六千萬元，得再增設一處分支物流中心。
外國分公司申請登記為物流中心者，準用前項規定。
第 6 條 物流中心應檢具下列文件向當地海關申請登記，經核准者，發給登記證：
一、申請書：應載明申請者之名稱、公司或商業統一編號、地址、負責人姓名、住址、身分證號碼、電話號碼、中心地址及其他必要事項。
二、所在土地及建築物之使用權證件、平面圖與其影本及第五條第二項可供倉儲使用之主管機關同意文件。
三、設備清單及配置圖。
四、依第十七條之一規定申請貨櫃（物）存儲於露天處所者，應於土地平面圖標示位置及儲位。
第 12 條 進儲物流中心貨物發生退貨情事，應將退貨理由填報於申請書表其他申報事項欄，依下列規定辦理：
一、退回課稅區者，依第十條第一項第一款規定辦理後銷帳。
二、退回保稅區者，依第十條第一項第二款規定辦理後銷帳。
三、退回國外者，依前條規定辦理後銷帳。
進儲物流中心貨物，如已無商業銷售價值者，得取具貨物所有權人書面同意並經海關核准，在海關監視下銷毀除帳。
物流中心存儲之保稅貨物因天災、事變或不可抗力之事由，而遭受損失或損壞致無價值，經海關查明屬實者，得核實除帳。
物流中心存儲之保稅貨物，因貨物之性質自然短少，其短少部分經海關查明屬實者，得核准除帳。
第 17 條 （刪除）
第 17-1 條 物流中心進儲貨物，符合下列條件之一者，得向海關申請免拆櫃進倉，原櫃（物）存儲於物流中心之露天處所，其安全與管理，仍由物流中心負責。必要時，海關得以抽驗：
一、整櫃貨物貨名相同、包裝一致，並提供裝櫃明細表，供海關查核。
二、因包件過重或體積過大或其他特殊情形無法進倉。
前項已申請核准免拆櫃進倉之貨物，如貨名相同，得免逐案向海關申請。
第一項露天處所須鄰接已登記物流中心之建築物，且須符合第六條規定。
第一項經海關核准免拆櫃進倉之貨物，如有短裝、溢裝情事，應依進出口貨物查驗準則第十八條規定向海關申報，不得事後申請補報。